O incentivo à pesquisa científica nas Faculdades São José é evidenciado pelo desenvolvimento de um programa de iniciação à pesquisa.
A iniciação à pesquisa é atividade complementar de graduação das Faculdades São José exercida por alunos regularmente matriculados e supervisionada por professores dos cursos.
O programa de Iniciação à Pesquisa se insere em um projeto mais amplo das Faculdades São José que está fortemente ancorando em uma visão holística e multidisciplinar dos ambientes acadêmico e profissional. Entende-se, igualmente, que ambos projetos contribuem para a promoção da excelência profissional, através da capacitação do aluno para atuar no mercado como um tomador de decisões inserido em um contexto sócio-econômico cada vez mais competitivo e dinâmico. Portanto, há o reconhecimento que os programas têm permitido ao corpo discente assumir uma postura propositiva diante dos conteúdos e atividades que são apresentados no cotidiano universitário.
Na categoria de Iniciação à Pesquisa o aluno que deseja concorrer ao processo seletivo, de acordo com o regulamento, deve elaborar um projeto de pesquisa que será conseqüentemente avaliado por uma banca de professores das Faculdades São José. Os alunos aprovados são assistidos pelo coordenador de Iniciação à Pesquisa, responsável pelo tratamento metodológico da pesquisa, mas também podem solicitar a orientação de um professor da área específica em que o projeto está inserido.
De acordo com o regulamento no final de cada semestre o aluno deve apresentar o relatório da pesquisa que desenvolveu, assim como se compromete a participar da Semana Acadêmica, tornando, assim, público o seu empreendimento investigatório.